Penjaminan mutu proses akademik, baik dalam masa persiapan pembelajaran yang meliputi penyusunan RPS (Rencana Pembelajaran Semester) dan RTM (Rancangan Tugas Mahasiswa), termasuk mutu soal ujian (UTS dan UAS) mata kuliah dan tugas akhir, peningkatan aktivitas penelitian dosen yang memayungi penelitian skripsi mahasiswa untuk membantu peningkatan prestasi dan percepatan masa studi mahasiswa.

Penjaminan mutu terhadap sumber daya dosen dilakukan melalui Beban Kerja Dosen (BKD) setiap tahun akademik, sedangkan tenaga kependidikan melalui kuesioner tingkat kepuasan mahasiswa terhadap pelayanan akademik termasuk praktikum. Penjaminan mutu juga dilakukan terhadap alumni yang bertujuan untuk mengetahui lulusan yang dihasilkan telah diakui/digunakan sesuai dengan kebutuhan masyarakat dan untuk mengetahui sistem pembelajaran yang dilakukan telah memenuhi indikator kinerja yang diinginkan institusi dengan cara melakukan perunutan (tracer) alumni.

Penjaminan mutu dalam bidang penelitian dan pengabdian kepada masyarakat dikoordinasikan oleh fakultas dengan membentuk BP3F yang terdiri dari dosen FMIPA yang berkompeten di bidangnya. Badan ini bertugas untuk membantu Dekan dalam menilai, memberi masukan dan menyeleksi proposal penelitian dan pengabdian kepada masyarakat sebelum dikirim untuk diseleksi lebih lanjut di tingkat Universitas. Penjaminan mutu bertujuan mengawal agar penelitian dan pengabdian kepada masyarakat FMIPA sesuai dengan kaidah-kaidah keilmuan serta sesuai dengan visi dan misi FMIPA.